L'intervention de la France dans les Comores (et à Mayotte) commença au milieu du XIXe siècle, alors que les quatre îles des Comores furent le théâtre de nombreuses guerres entre sultans locaux, ce qui leur valut le surnom de «îles des Sultans batailleurs». Fatigué des guerres incessantes qui ravageaient son pays, le sultan Adrian Tsouli céda Mayotte à la France en échange d'une aide militaire et... d'une rente annuelle de 1000 piastres (ou 5000 francs à l'époque) de 1000 piastres et l'éducation de ses enfants à La Réunion aux frais du gouvernement français. Dans le cadre du traité du 25 avril 1841, l'île passa juridiquement sous le protectorat français.
Après deux révoltes importantes (l'une en 1915 à la Grande-Comore, l'autre en 1940 à Anjouan), les Comores obtinrent en 1946 une autonomie administrative et la ville de Dzaoudzi fut choisie comme capitale du nouveau territoire. Ensuite, l'archipel devint autonome en 1946 et l'Assemblée territoriale des Comores choisit en 1958 le statut de territoire français d'outre-mer (TOM). Cependant, à Mayotte, 85 % des gens ont préféré, lors d'un référendum, le statut de département français d'outre-mer (DOM). Les Mahorais auraient développé certaines rancoeurs contre les anciens sultans d'Anjouan et contre les Arabo-Comoriens. Dans les faits, les Comores ne furent jamais traitées comme les autres territoires d'outre-mer, mais toujours comme une colonie.
En 1974, à l'issue d'un référendum, les îles d'Anjouan, de Mohéli et de la Grande-Comore optèrent pour l'indépendance à 95 %, alors que les habitants de Mayotte choisirent à plus de 60 % de rester des citoyens français. Le 6 juillet 1975, le président Ahmed Abdallah proclama à Moroni l'indépendance des quatre îles formant ainsi l'État des Comores.
En février 1976, lors d'un référendum, la population de Mayotte se prononça avec une très large majorité (99 %) pour son maintien dans l'ensemble français avec le statut de collectivité spéciale qui lui fut accordé.
La République fédérale islamique des Comores fut proclamée le 1er octobre 1978.
Quant aux Mahorais de l'île Mayotte, il semble bien qu'ils ne désiraient pas être soumis à un État comorien suspecté de vouloir les exploiter. Il faut dire que, à la suite de l'indépendance, les Comores connurent une succession de régimes et de coups d'État (dont le renversement du «père de l'indépendance», le président Ahmed Abdallah), dans lesquels des mercenaire français ont souvent joué un rôle essentiel. Sur la base de l'article 72 de la Constitution française, les habitants de Mayotte bénéficient maintenant du statut de collectivité territoriale et ils sont administrés par un préfet nommé par la République.
Une nouvelle loi adoptée le 22 décembre 1979 stipule que «l'île de Mayotte fait partie de la République française et ne peut cesser d'y appartenir sans le consentement de sa population».
En 1998, le gouvernement français a ouvert deux groupes de réflexion, l'un à Mayotte, l'autre à Paris, avec l'ensemble des représentants de la société mahoraise. Des ententes ont été conclues lors d’un accord signé à Paris, le 27 janvier 2000, par les trois partis politiques représentés au Conseil général de Mayotte (le Mouvement populaire mahorais, le Rassemblement pour la République et le Parti socialiste) et par le gouvernement français. Par la loi no 2000-391 du 9 mai 2000, «l'accord sur l'avenir de Mayotte» a été soumis, le 2 juillet 2000, à la consultation de la population. Les Mahorais ont massivement participé à cette consultation et se sont prononcés à 72,94 % en faveur du OUI. Ce résultat semble exprimer la volonté des Mahorais d'ancrer plus fermement leur avenir institutionnel dans la République française et leur attente d'un développement durable et solidaire.